警視庁は地道な聞き込みを広げていたが、車両のナンバーを覚えていたり、顔をはっきりと見たりした人はおらず、犯人特定に至るまでの具体的な情報にはつながらなかった。
現場に残された銃弾から…
有力な手がかりがない一方で、事件後すぐに着手されたのは、現場に残されていた銃弾の鑑定だった。
パート女性に2発、女子高生に1発ずつ、そして金庫にも1発撃ち込まれていた、計5発の弾丸。この弾の鑑定に関わったのは当時、科学警察研究所機械第2研究室長だった内山常雄氏。内山氏は現場に遺留された弾丸や、押収された拳銃を鑑定してきた。弾であれば、何の銃を使って撃たれたものなのか、そして、過去に同じ銃を使って犯罪が行われてきていないかなどを調べる。95年は、地下鉄サリン事件が発生し、オウム真理教が所持していた多数の凶器が押収され、分析などで作業量が極端に増えていた年だった。
内山氏は最初に見たとき「変形が大きく、状態が悪い弾だな」と感じたという。しかしわずかに残っていた線条痕や、一度使われた弾を使って鋳造した“再生実包”、錫の含有量が多く融点の低い鉛や、薄い銅メッキの特徴などから、銃も弾もフィリピン製であるとして、“スカイヤーズビンガム”、フィリピン製の38口径の拳銃だと推定した。銃口が短く、小型で隠して持ちやすい特徴がある拳銃だった。
このスカイヤーズビンガムは、アメリカのコルト社のディテクティブ・スペシャルの模造銃で、構造はコルトとほぼそっくりだが、本来ないはずのバレルピンが付いていることから、日本に流入し始めたころは各地で「おかしなコルトが出回っている」という報告があがっていた。その後、コルト社と同じ馬の刻印があるものの、銃身にあるコルトの文字の周辺を電解研磨していくとスカイヤーズビンガムの文字が出てきたため、科捜研（科学捜査研究所）は1986年ごろからコルトを真似た「スカイヤーズビンガム」の存在を把握していた。
ナンペイ事件にこのスカイヤーズビンガムが使われたということまでは分かっても、この時代に大量に流入していた「流通経路を隠すよう意図した拳銃」（内山氏）であるため、拳銃から犯人を追うのは難しいことが予想された。30年の間に、八王子事件の銃弾と似た線条痕の特徴の弾丸が複数浮上したが、いずれもつながらず、犯人特定には至らなかった。
