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結婚の2カ月前、木下は『廃娼之急務』を出している。前年に入社した毎日新聞（現在の毎日新聞とは異なる会社）では、廃娼論だけでなく足尾鉱毒問題でも論陣を張った。毎日新聞に入って間もなく、同社で足尾鉱毒問題を追及し、明治天皇に直訴しようとしたことで有名な田中正造（1841～1913年）と初めて顔を合わせている。
看護婦と結婚し、政治運動に打ち込む
翌明治34年（1901年）5月18日、木下は安部磯雄、片山潜、幸徳秋水(こうとくしゅうすい)、河上清、西川光二郎とともに日本初の社会主義政党・社会民主党を結成し、片山と二人で幹事になった。結社が禁止されたのは2日後である。翌明治35年（1902年）8月の衆院選には群馬県の前橋から立ち、落選した。明治38年（1905年）にも東京で立候補するが、官憲の圧迫が強く演説会すら開けなかった（『20世紀日本人名事典』）。日本で最初の普通選挙運動を起こしたひとりであるが、その普通選挙のない選挙で二度とも議席に届かなかった。
明治37年（1904年）1月1日、日露戦争の開戦を目前にした毎日新聞で、小説『火の柱』の連載を始める。キリスト教社会主義の立場から非戦論を織り込んだ作品で、続けて『良人の自白』も連載した。だが戦争が終わると、社会主義者の間の対立が表に出る。明治38年に平民新聞が廃刊、平民社が解散。木下は石川三四郎らとキリスト教社会主義の雑誌『新紀元』を創刊したが、これも13号で終わった。
足尾銅山主の妻の自死を招いたか
明治39年（1906年）5月、母が世を去る。木下はこれを境に表舞台から降りた。同年9月に幸徳秋水と堺利彦へ決別を告げ、10月には『新紀元』に「旧友諸君に告ぐ」を発表して社会主義運動からの離脱を表明し、群馬の伊香保に移った。背景にあったのは母の死だけではない。自分の正義の訴えが政治家・星亨の暗殺や足尾銅山オーナー夫人の自殺を招いたという自責の念があったとされる（川島祐一「松本にうまれし木下尚江の生涯」「木下尚江の『日蓮論』を読む」）。人を追い詰めた側の筆として、自分の言葉を数え直したということだ。自伝的な『懺悔』を書くのも、この前後である。
