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伊香保で書いた小説が『霊か肉か』（上篇・明治40年、下篇・明治41年）である。相馬愛蔵・黒光夫妻や井口喜源治が名を変えて登場することで知られるが、主人公に関わる重要な人物として、キリスト教を信仰する看護婦が出てくる。看護婦は誰に対しても兄弟姉妹の愛情をもって職分を尽くすべきで、その目に貴族も平民も富豪も貧乏人も区別はない、という信念を持つ女性である（松本市歴史の里、前掲）。大関和との結婚話が破綻してから10年近くたって、木下は自分の小説のなかに看護婦を置いている。
師と仰ぐ田中正造への強い思い
運動から降りても、足尾鉱毒問題からは離れていない。明治40年（1907年）6月、遊水地にするため谷中村の家屋が強制的に破壊される。木下は現地に駆けつけ、村の最後を見届けた。その数カ月前に田中正造へ宛てて、「いま自分が師と仰いで教えを請う相手はあなたのほかにいない」という趣旨の手紙を書いている（川島、前掲）。
明治43年（1910年）、木下は岡田虎二郎の門に入る。静坐によって心身を立て直す修養法で、田中正造や坪内逍遥、後藤新平らも実践者に名を連ねた。木下はこれを、彫刻家・荻原守衛と息子を相次いで亡くし失意の中にあった相馬黒光に紹介する。黒光から夫の愛蔵へ、中村屋のアトリエにいた画家・中村彝(つね)へと広がっていった（安曇野市公式サイト「木下尚江」）。
同じ明治43年の9月、『火の柱』『良人の自白』などが発売禁止処分を受けた。幸徳秋水らが検挙された大逆事件の年である。小説の多くが発禁となり、評論も出版社に危険視されて、生前にまとめられた評論集は『飢渇』（明治40年）1冊しかない。木下は長く世間から忘れ去られていく。
大正2年（1913年）8月2日、田中正造が栃木県足利郡吾妻村下羽田、いまの佐野市下羽田町にある支援者・庭田清四郎の家で倒れた。木下は8月半ばから佐野に滞在して看病にあたる。9月4日、正造は同じ家で息を引き取った。満71歳。死因は胃がんだったとされる。遺したものはわずか。合切袋に入っていたのは河川調査の草稿、新約聖書、鼻紙数枚、採集した川海苔、小石3個、帝国憲法とマタイ伝の合本、日記3冊だった（佐野市「栃木県指定文化財 田中正造遺品」）。木下は9年後の大正11年（1922年）に『田中正造翁』を刊行した。
