問題の文書に官邸側はどう反応したか？
菅義偉 官房長官
「出所も明確になっていない怪文書みたいな文書だ」
テレ朝news 5月17日
朝日新聞の報道を受けて同日に記者会見を開いた菅義偉官房長官は、文書の内容を否定して「怪文書みたい」と切り捨てた。
「どういう文書か。作成日時だとか、作成部局だとか明確になってないんじゃないか。通常、役所の文書はそういう文書じゃないと思う」などと述べ（朝日新聞 5月18日）、「こんな意味不明のものについて、いちいち政府が答えることはない」とも回答している（信毎web 5月17日）。
松野博一文科相は「特区に関する対応に向けた文書は作成された可能性はあると思う」と述べ（信毎web 5月18日）、すでに担当部局の職員に対して文書を作成したことがあるかなどの聞き取り調査を始めたことを明らかにした（NHK NEWS WEB 5月19日）。
文書には複数の首相官邸幹部やある省の副大臣の名前が記され、具体的な日付があるものもあれば、ないものもある。文書の中に実名が登場する北村直人日本獣医師会顧問（元自民党衆院議員）は「文書に書かれていることは事実だ」と語った。文書には「（北村氏が）政治パーティーで山本（幸三）国家戦略特区担当大臣と会って話をした」などと書かれているが、これも事実だという（朝日新聞 5月18日）。
「第二の『永田メール事件』になりはしないだろうか？」
自民党の和田政宗参院議員は自らのブログで「仮に文科省内の人物が作ったとしてもメモ程度のもので、記憶違いもあるし、付け加えたり改ざんがいくらでも出来る」として、「第二の『永田メール事件』になりはしないだろうか？」と警告している（5月17日）。
新藤宗幸千葉大名誉教授（行政学）は「（役所では）今回のように内部で情報を共有するためのメモ的な文書は頻繁に作られ、情報公開法の対象でもある。他の省庁とのやり取りを記録に残すのは役人の普通の行動だ」と指摘。国の「行政文書の管理に関するガイドライン」では、個人的な資料や下書き段階のメモであっても「国政上の重要な事項に係る意思決定が記録されている場合、行政文書として適切に保存すべき」と定められている（朝日新聞 5月1８日）。
