学校の対応についても不十分さが指摘されている。
校長からは「菜摘さんが『いじめられた』と言っていることは事実だが、加害児童や周辺の聞き取りからはいじめの“事実”は出てこなかった。そのため、加害児童を指導できない」との説明が保護者にされたなどと指摘。両者に食い違いがある場合、学校はアンケート調査を行う必要があったとしている。
その後、学校はいじめの訴えを信用せず、菜摘さんの母親こそが「ないはずのいじめ」を告白させていると疑った。いわば、“モンスター・ペアレント”扱いがされていく。
加害児童側との話し合いは激しい口論になり、決裂
「要するに、こちらの話を聞いて、こちらの時間を消費させられるだけの対応になりました。そうなると、だんだん不満が溜まっていきます。僕たちとしては、娘への暴力は、こんなに大きくなるようなことじゃないとは思っていましたし、別に『校長を出せ』とかは1回も言ったことないです。教頭先生で十分やから、この暴力を止めなさいっていうようなことしか言っていませんでした」
学校側は、保護者同士に任せた。そのため、報告書は「校長の、“保護者同士のトラブル解決は保護者に任せるべき”というポリシーの存在、及び教師同士が自由に意見を交わし、適切な結果を導き出す学校の組織の在り方が不十分だったこと、スクールカウンセラーが、児童の問題行動を緩和する遊戯療法やカウンセリングを提供できるという認識が学校側に不足していた」と指摘している。
菜摘さん側と加害児童側の話し合いは激しい口論になり、決裂。加害児童は転校することになった。
「報告書では、校長が頑張れば頑張るほど、あの学校の風通しが悪くなっていったと書かれています。校長が何かをすると、それが間違っていても、校長と反対の意見を言うことができなかった、という内容です。校長の、パワハラ資質とか、モラハラ気質を指していると思います」
学校でのいじめアンケートには、菜摘さんが書いたとされる回答が
菜摘さんへの対応をめぐっては、校長が「低身長の可能性を指摘する文書」を保護者へ送っている。それによって、保護者は、虐待の疑いをかけられていると思い、学校への不信感を募らせる要因になったことも指摘した。
その後、実際には校医から低身長の可能性を指摘された事実はないにもかかわらず、校長が作成していたことが判明した。そのため、保護者は、虚偽公文書作成罪と公務員職権濫用罪に該当するとして、校長を大阪府警に刑事告訴。大阪府警は校長を書類送検した（大阪検察庁は、不起訴処分とした）。
